Namiesto podpôr na produkciu sa podpory zmenili na podporu ochrany poľnohospodárskej a lesnej pôdy, vodných zdrojov a ovzdušia. Významné nasmerovanie podpôr je aj na ochranu biotopov a ochranu vtákov v zmysle NATURA 2000. Tieto podpory sú v zmysle príslušných smerníc EÚ a majú za cieľ ochranu ohrozených druhov rastlín a živočíchov na území členských krajín EÚ. Na Orave je rozsahom najväčšie chránené územie Slovenska rozprestierajúce sa na CHKO Horná Orava, nachádzajúce sa na poľnohospodárskej pôde. Aj mimo CHKO Horná Orava sa nachádzajú významné biotopy. Hospodárenie v týchto oblastiach si vyžaduje mimoriadne citlivý prístup poľnohospodára s mnohými obmedzeniami, ktoré sú finančne náročné a ich efekt sa neprejaví v zvýšenej cene výsledného poľnohospodárskeho výrobku. Ďalšie podpory sú smerované na podporu výroby kvalitných potravín (bez zvyšovania produkcie) a na zvýšenie komfortu chovaných hospodárskych zvierat. Žiadosti o podporu si agropodnikatelia môžu podávať práve v tomto období, do konca apríla, prípadne do 16. mája, ale to už dostanú podpory krátené pre nedodržanie termínu.
Pre kontrolu dodržiavania sprísnených pravidiel hospodárenia bola prijatá metodika správnej farmárskej praxe. Tá obsahuje oblasť skladovania a aplikácie hnojív, ochrany rastlín, ochrany pôdy a oblasť registrácie a používania krmív. Je to najnižší stupeň z kritérií spôsobilosti. Vyšším stupňom ochrany je dodržiavanie ďalších argoenvironmentálnych opatrení, hlavne dodržiavanie pravidiel tzv. základnej schémy. Na kontrolu týchto opatrení boli zriadené kontrolné organizácie v troch úrovniach. Najnižšia je regionálna, ďalšia národná a najvyššia je kontrola z EÚ. Aby agropodnikateľ uspel pri všetkých kontrolách, musí sa neustále vzdelávať. Značná časť agropodnikateľov hospodáriacich na rozhodujúcej výmere poľnohospodárskej pôdy je pripravená dodržiavať tvrdé normy EÚ. Existujú však aj podnikatelia na pôde, ktorým dodržiavanie noriem EÚ zatiaľ nehovorí vôbec nič. Tí sa však z podpôr z EÚ môžu tešiť len do prvej kontroly. Ak sa pri kontrolách zistia porušenia pravidiel hospodárenia, nasledujú sankcie až po tú najvyššiu, vylúčenie z podpôr.