Prostriedky na činnosť získava výlučne zo štátneho rozpočtu formou bežného transferu. Samozrejme, že vedenie školy sa financie snaží získavať aj z iných zdrojov. Veľkú pomoc dostáva škola zo strany Rady rodičov, ktorá tu pracuje veľmi aktívne od samého vzniku. Ďalším zdrojom, najmä v minulosti, boli dobrí ľudia, ktorí nezištne pomohli a darovali škole buď peniaze alebo rôzne predmety. V ostatných rokoch takáto situácia nastáva veľmi ojedinele. Škole pomôžu aj rodičia detí formou odovzdania 2% dane, ktoré táto ZŠ využíva na nákup učebných pomôcok očakávajúc, že aj tohto roku 2% z ich daní poslúžia práve ich deťom. Počas minulých rokov ZŠ Š. Šmálika pomohol aj MsÚ v Tvrdošíne, aj napriek tomu, že nie je jej zriaďovateľom.
Súčasne platný zákon týkajúci sa financovania škôl hovorí, že školy sú financované normatívne, teda podľa počtu žiakov. Podľa tohto zákona oproti iným školám sú cirkevné školy v istej nevýhode, pretože nemajú nárok na prostriedky v oblasti investičných nákladov a na preplácanie cestovného dochádzajúcim žiakom. Škola protestuje, argumentujúc, že rodičia jej žiakov rovnako odvádzajú dane do štátneho rozpočtu. A tak má vedenie plné ruky práce, aby škola aj pri nedostatku prostriedkov fungovala a plnohodnotne spĺňala svoju úlohu.
Tou je žiakov vzdelávať, ale aj vychovávať v kresťanskom duchu evanjelia, naučiť ich hľadať pravé hodnoty života. Škola by privítala, keby sa jej to darilo spolu s rodičmi žiakov, aby tak vhodne dopĺňala výchovu detí v rodinách.